构建两岸关系和平发展框架的行政机关合作机制的关键在于从理论和实践上化解行政机关政治属性和行政属性的内在冲突,探讨行政机关公共性的历史现实特点,转变两岸治理思维,通过新区域治理下行政协议的方式,将两岸关系行政机关合作机制建立在平等协商、循序渐进、阶段性合作的基础上,实现两岸行政机关合作的制度化、规范化、长效化,最终实现包括行政机关合作在内的政治合作。